张晓东教授主要的研究领域為成体干细胞生物学，包括我们衰老的原因，以及如何活得更健康和更长寿，这些都是今天人们正面对的严峻挑战。目前他在探索成体肌肉干细胞在组织再生和相关疾病如肌肉减少症（在衰老的过程中骨骼肌质量和强度出现退化）上的作用。在这些研究课题上，他的实验室居于全球的前列位置。他的团队利用流动细胞仪率先对肌肉干细胞进行分离，為该领域提供了肌肉干细胞基因特徵和表观遗传蓝图。张晓东教授多次在国际权威学术期刊上发表论文，包括《Cell》、《Nature》、《Cell Stem Cell》、《Developmental Cell 》及《Proceedings of the National Academy of Sciences》等。他更获颁裘槎前瞻科研大奖，在科研上得到宝贵支持。